菌-酶协同发酵技术在畜牧生产中的应用集中在饲草饲料的调制加工和新型饲草饲料产品研发上，取得了一列的成果并在生产中的到推广。
一、菌-酶协同技术的分段工艺。菌-酶协同技术工艺可以分为一次发酵工艺和二次发酵工艺。一次发酵工艺，是指在对饲草饲料进行发酵的过程中将所需的益生菌和协同作用的酶，同时一次添加与原料进行混合，然后创造适宜的发酵条件进行菌-酶协同发酵的处理方式。如在50℃下，利用嗜热梭状芽孢杆菌与胰蛋白酶协同处理甜高粱，发酵获得产量较高的丁酸的工艺。菌-酶协同技术的二次发酵工艺，是对原料基质进行菌-酶协同处理，次发酵是创造适合一类菌和酶的反应条件，第二次发酵创造适合另一类菌和酶的反应条件，通过二次发酵，采用二套工艺参数完成对原料基质更全面和系统的处理，或者得到更多、更丰富的目标产物。菌-酶协同一次发酵工艺与二次协同处理工艺相比，菌-酶协同二次处理工艺，有效兼顾了不同菌种和酶的生长环境和反应参数，能更好地发挥菌-酶协同作用；菌-酶协同二次处理工艺要比菌-酶协同一次发酵工艺，可以更有效地降解饲料中的抗营养因子，提高蛋白质等营养物质的释放，从而提高改善原料的利用价值和适口性。菌-酶协同二次处理工艺可以提高特定发酵产物产量和质量，在处理后的产品中特定发酵产物的含量更多、纯度更高。一次发酵工艺的优点是工艺流程相对简单，操作简便，更具实用性。只要充分研究菌和酶的生活背景和反应条件，在满足这些条件后，应用一次发酵工艺也会取得较好的发酵效果，在未来的实际应用中，益生菌和酶共同直接添加发酵饲料原料，也是加快菌-酶协同技术推广的一个重要方向。
二、菌-酶协同技术的厌氧与需氧工艺。菌-酶协同发酵生产工艺中，根据益生菌对氧气的需求，可分为好氧发酵工艺、厌氧发酵工艺及兼性厌氧发酵工艺三大类。好氧发酵常用的发酵菌种为曲霉菌、芽孢杆菌、酵母菌等好氧或兼性厌氧菌，具有设备投资少、包装成本低等优点，常用于酒糟、豆粕等单一原料的发酵。好氧发酵工艺占地面积大，需经常翻抛，发酵均一度和稳定性较差，易受环境微生物污染。厌氧发酵常用发酵菌种为乳酸菌、芽孢杆菌、酵母菌等。与好氧发酵工艺相比，设备投资相对较大，但生产效率高，可用于各种单一或混合原料发酵，适用范围更广；发酵终产品均匀度良好，产品质量稳定，染菌概率低。除有氧和厌氧两种典型的菌-酶协同生产工艺外，还有将二者结合的好氧与厌氧异步发酵工艺，目前基本处于研发阶段。
二、菌-酶协同技术的水分调节工艺。根据含水量的差异，菌-酶协同发酵生产工艺可分为固态和液态两大类。液态发酵技术主要用于外源酶产品的发酵生产，也可用于菌-酶协同发酵饲料产品的生产，这些产品往往需要后期烘干，适合高附加值的产品开发。菌-酶协同发酵生产工艺主要是对固态的原料基质进行调制加工处理的生产。
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